La création du Musée des Arts et des Civilisations du quai Branly a été approuvée par le conseil des ministres le 23 décembre 1998. L'ouverture du nouveau musée est prévue pour 2004 et son coût a été chiffré à 1,11 milliard de francs. Il regroupera les collections du Musée des Arts d'Afrique et d'Océanie de la porte Dorée et du laboratoire d'ethnologie du Musée de l'Homme.
L'établissement public sera dirigé par Stéphane Martin qui a été directeur national de la musique et de la danse et directeur du cabinet de Philippe Douste-Blazy lorsque celui-ci était ministre de la Culture.