La mise en examen et l'incarcération du préfet Bonnet et plusieurs de ses subordonnés, notamment le commandant de région de la gendarmerie, a mis en lumière des pratiques douteuses en Corse qui ont sérieusement écorné l'image du gouvernement Jospin. Le préfet avait mis les pieds dans le plat en voulant personnellement mener une enquête parallèle au sujet de l'assassinat non élucidé de son prédécesseur puis en ordonnant des actions clandestines contre les nationalistes et ceux qui ne respectaient pas la loi dans l'Ile de Beauté.
En voulant incendier une paillotte-restaurant sur une plage de Corse, le commando de gendarmes envoyé par le préfet a lamentablement échoué dans sa mission et causé la perte de ce dernier. Le but vraisemblable de ce commando était de faire endosser cet attentat à des nationalistes corses tout en laissant sur place un papier écrit « balance des flics » pour laisser croire que le propriétaire était un informateur, une pratique scandaleuse qui met en lumière le comportement irresponsable du préfet et de son équipe.
Apparemment, le gouvernement n'était pas au courant des visées clandestines du préfet Bonnet lequel avait fini par se prendre pour un véritable vice-roi en Corse.
Le problème corse est maintenant vieux de plus de vingt-cinq et résulte de la perte des colonies de la France. Celle-ci contrôlait des territoires en Afrique et en Asie et envoyait dans les colonies de nombreux fonctionnaires corses mais après la politique d'indépendance menée par le général de Gaulle, les vieux contentieux entre la Corse et le Continent ont ressurgi avec pour efft de raviver un nationalisme qui dormait comme un volcan depuis Napoléon.
Le même schèma s'est opéré en Grande-Bretagne qui, depuis la perte de son empire colonial, se trouve confrontée à un retour de flamme nationaliste en Ecosse où les indépendantistes ont receuilli 30% des suffrages lors des dernières élections pour la constitution d'un parlement autonome. Ainsi, tant que le Royaume-Uni possédait d'immenses territoires à gérer, les Ecossais se limitaient à participer au partage du gâteau colonial en laissant de côté leurs problèmes propres. Aujourd'hui, obligés de partager leurs richesses pour maintenir la prospérité de la Grande-Bretagne, ils se rebiffent, un peu comme les Corses qui se sentent colonisés par la France.
Comme pour les Ecossais, il existe une spécificité corse qui se doit d'être prise en compte pour que les habitants de l'Ile de Beauté puissent se sentir français. La nomination à Ajaccio du préfet Bonnet il y a un an a constitué finalement une erreur de taille de la part du gouvernement Jospin qui avait oublié un peu vite que cet homme à poigne s'était fait détester lorsqu'il était en fonction à Perpignan où il avait pris des mesures quelque peu stupides contre ceux qui faisaient campagne en faveur de l'identité catalane.